An enhanced calibration of a recently released megatree for the analysis of phylogenetic diversity / Calibração aperfeiçoada de uma megatree lançada recentemente para a análise da diversidade filogenética

Abstract Dated or calibrated phylogenetic trees, in which branch lengths correspond to evolutionary divergence times between nodes, are important requirements for computing measures of phylogenetic diversity or phylogenetic community structure. The increasing knowledge about the diversification and evolutionary divergence times of vascular plants requires a revision of the age estimates used for the calibration of phylogenetic trees by the bladj algorithm of the Phylocom 4.2 package. Comparing the recently released megatree R20120829.new with two calibrated vascular plant phylogenies provided in the literature, we found 242 corresponding nodes. We modified the megatree (R20120829mod.new), inserting names for all corresponding nodes. Furthermore, we provide files containing age estimates from both sources for the updated calibration of R20120829mod.new. Applying these files consistently in analyses of phylogenetic community structure or diversity serves to avoid erroneous measures and ecological misinterpretation.

Resumo Árvores filogenéticas datadas, ou calibradas, em que os comprimentos dos ramos correspondem ao tempo evolutivo de divergência entre os nós, são importantes requisitos para calcular medidas de diversidade filogenética ou de estrutura filogenética de comunidades. O conhecimento crescente sobre a diversificação e sobre o tempo de divergência evolutiva das plantas vasculares fez necessária uma revisão das estimativas de idades dos nós que são utilizadas para a calibração de árvores filogenéticas por meio do algoritmo bladj do pacote Phylocom 4.2. Comparando a mega-árvore R20120829.new, recentemente publicada, e outras duas filogenias calibradas de plantas vasculares, encontramos 242 nós correspondentes. Modificamos esta mega-árvore (R20120829mod.new), inserindo todos os nomes dos nós correspondentes. Além disso, providenciamos dois arquivos com todas as estimativas das idades para uma calibração mais atualizada. Utilizando esses arquivos de maneira consistente nas análises de diversidade ou de estrutura filogenética de comunidades, evita-se incorreções nas datações e imprecisões na interpretação de informações ecológicas.

Phylogenetic overdispersion of plant species in southern Brazilian savannas / Dispersão filogenética de espécies de plantas em savanas no Sudeste do Brasil

Ecological communities are the result of not only present ecological processes, such as competition among species and environmental filtering, but also past and continuing evolutionary processes. Based on these assumptions, we may infer mechanisms of contemporary coexistence from the phylogenetic relationships of the species in a community. We studied the phylogenetic structure of plant communities in four cerrado sites, in southeastern Brazil. We calculated two raw phylogenetic distances among the species sampled. We estimated the phylogenetic structure by comparing the observed phylogenetic distances to the distribution of phylogenetic distances in null communities. We obtained null communities by randomizing the phylogenetic relationships of the regional pool of species. We found a phylogenetic overdispersion of the cerrado species. Phylogenetic overdispersion has several explanations, depending on the phylogenetic history of traits and contemporary ecological interactions. However, based on coexistence models between grasses and trees, density-dependent ecological forces, and the evolutionary history of the cerrado flora, we argue that the phylogenetic overdispersion of cerrado species is predominantly due to competitive interactions, herbivores and pathogen attacks, and ecological speciation. Future studies will need to include information on the phylogenetic history of plant traits.

Comunidades ecológicas resultam não somente de processos ecológicos atuais, como a competição e os filtros ambientais, mas também de processos evolutivos passados e contínuos. Com base nessas premissas, podemos inferir mecanismos de coexistência contemporânea a partir das relações filogenéticas das espécies em uma comunidade. Estudamos a estrutura filogenética das comunidades de plantas de quatro áreas de cerrado, no Sudeste do Brasil. Calculamos duas medidas das distâncias filogenéticas das espécies amostradas. Estimamos a estrutura filogenética comparando suas distâncias observadas com a distribuição dessas distâncias em comunidades nulas. Obtivemos comunidades nulas aleatorizando as relações filogenéticas do banco regional de espécies. Encontramos uma dispersão filogenética de espécies de cerrado. Há várias explicações para essa dispersão, dependendo da história filogenética dos traços e das interações ecológicas contemporâneas. Entretanto, com base nos modelos de coexistência entre árvores e gramíneas, nas forças ecológicas dependentes da densidade e na história evolutiva da flora do cerrado, argumentamos que a dispersão filogenética das espécies do cerrado é predominantemente devida às interações competitivas, aos ataques de herbívoros e patógenos e à especiação ecológica. Estudos futuros precisarão incluir informações sobre a história filogenética dos traços das plantas.